Avogadro dibuja en tres dimensiones diferentes composiciones moleculares mostrando todas las perspectivas posibles.
Lo mejor de este programa se encuentra en la manipulación y animación de las moléculas que se pueden dibujar. Simplemente usando los botones del ratón o girando las barras de desplazamiento de los tres ejes, situaremos el diseño en cualquier posición. También se puede hacer que la pieza gire en cualquier sentido y dirección.
En definitiva, lo más destacable de Avogadro es su visualizador, aunque también se puedan dibujar varias estructuras y guardarlas en archivos.
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